1. Различити извори осветљења
Извор осветљења који се користи у микроскопу је проток електрона који емитује електронски пиштољ, а извор осветљења оптичког микроскопа је видљива светлост (сунчева светлост или светлост). Пошто је таласна дужина подтока много краћа од таласне дужине светлосног таласа, увећање и резолуција електронског микроскопа су знатно веће од светлосног огледала. .
2. Различита сочива
Објектив који увећава у електронском микроскопу је електромагнетно сочиво (електромагнетни калем у облику прстена који може да генерише магнетно поље у центру), а сочиво објектива оптичког микроскопа је оптичко сочиво направљено од стакла. Постоје три групе електромагнетних сочива у електронским микроскопима, које су еквивалентне функцијама кондензаторског објектива и окулара у оптичким микроскопима.
3. Различити принципи снимања
У електронском микроскопу, електронски сноп који делује на узорак који треба да се прегледа се увећава електромагнетним сочивом, а затим удара у флуоресцентни екран за снимање или делује на фотоосетљиви филм за снимање. Механизам разлике у густини електрона је да када електронски сноп делује на узорак који се тестира, упадни електрони се сударају са атомима супстанце да би створили расејање, а различити делови узорка имају различите степене расејања електрона, па је електронска слика узорка представљена нијансама. Предметна слика узорка у оптичком микроскопу је представљена са разликом у осветљености, која је узрокована разликом у количини светлости коју апсорбују различите структуре узорка.
4. Резолуција
Због интерференције и дифракције светлости, резолуција оптичких микроскопа може бити ограничена само на 02-05ум. Пошто електронски микроскопи користе електронске зраке као изворе светлости, стопа квара може достићи између 1 и 3 нм. Дакле, посматрање ткива оптичким микроскопом припада анализи на микронском нивоу, а посматрање ткива електронским микроскопом припада анализи нано нивоу.
5. Дубина поља
Генерално, дубина поља оптичког микроскопа је између 2-3ум, тако да је глаткоћа површине узорка изузетно захтевна, тако да је процес припреме узорка релативно компликован. Дух СЕМ може бити висок и до неколико метара, тако да нема захтева за глаткоћу геометрије површине узорка, припрема узорка је релативно једноставна, а неке геометрије узорка не захтевају припрему узорка. Стерео микроскопи имају релативно велику дубину поља, али је њихова резолуција веома ниска.
6. Користе се различите методе припреме узорака
Поступак припреме узорака ткива и ћелија који се користе за субмикроскопско посматрање је сложен, са великим техничким потешкоћама и трошковима. Посебни реагенси и операције су потребни у корацима узорковања, фиксације, дехидрације и уградње. Коначно, уграђени блокови ткива треба да се ставе у ултрамикротом да се исеку на ултратанке узорке дебљине 50 ~ 100 нм. Узорци посматрани светлосном микроскопијом се генерално стављају на стаклена стакла, као што су узорци обичних резова ткива, узорци ћелијског размаза, узорци пресовани у ткиво и узорци капљица ћелија.
7. Увећање
Ефикасно увећање оптичког микроскопа је 1000Кс. Ефикасно увећање доброг електричног микроскопа може достићи 1000.000Кс.
