Светлосни и електронски микроскопи се разликују један од другог. Упоредите варијације сличних појмова.
Оптички микроскоп може да види само специфичне ћелијске структуре, као што су ћелијски зидови, хлоропласти, обележени хромозоми, митохондрије, језгра, итд., док електронски микроскоп може да посматра све ћелијске структуре. Поједностављено речено, светлосни микроскоп може открити микроскопску структуру ћелије, док електронски микроскоп може открити њен субмикроскопски састав.
Увећање је примарна разлика. Без обзира колико се зум користи, оптички микроскопи имају максимално увећање које људско око не може да разазна. и(мин)=0.61*таласна дужина / (н*сину) Максимум је отприлике 1,5 чак и ако је н*сину потопљено у уље, а преостале количине зависе од величине таласне дужине. Због тога је зумирање узалудно јер је максимално увећање оптичког микроскопа око 1000 пута. Пошто је таласна дужина снопова електронских зрака који се користе за снимање електронским микроскопом знатно краћа од таласне дужине видљиве светлости, они могу да разреше ситне детаље, омогућавајући увећања до неколико милиона.
