Посебне структуре флуоресцентних микроскопа укључују:
(1) Систем филтера у боји
Блок филтера у боји је важан део флуоресцентног микроскопа, а његове основне компоненте се састоје од првог филтера баријере за ексцитационо светло, другог филтера баријере за емисионо светло и огледала за раздвајање снопа. Модели филтера у боји и називи различитих произвођача често су недоследни.
1. Филтер побуђене светлости и емисиони светлосни филтер: На основу карактеристика извора светлости и флуоресцентног пигмента, следећа три типа подударања се обично бирају како би се обезбедило ексцитационо светло унутар одређеног опсега таласних дужина и омогућило да флуоресценција побуђена узорком прође кроз окулар ради снимања.
УВ ексцитација: Филтер за побуђивање може дозволити да УВ светлост прође и блокира видљиву светлост изнад 400 нм да прође. Одговарајући емисиони светлосни филтер дозвољава плавој светлости да прође, а светло у видном пољу изгледа плаво, као када се примени на ДАПИ бојење.
Побуђивање плаве светлости: Филтер за побуђивање може да дозволи пролазак плаве светлости и блокира светлост других таласних дужина. Одговарајући емисиони светлосни филтер омогућава пролазак зеленог светла, као што су маркери за бојење ГФП.
Побуђивање зеленог светла: Филтер побуђеног светла дозвољава зеленом светлу да прође и блокира светлост других таласних дужина. Одговарајући емисиони светлосни филтер обично пропушта црвено светло, као што је бојење родамином.
2. Полупровидни и полурефлективни филтер у боји: Његова функција је да потпуно блокира ексцитацијско светло да прође и да га рефлектује; И емитују светлост унутар одговарајућег опсега таласних дужина. Његов модел одговара филтеру за побуђивање и светлосном филтеру емисије.
(2) Објектив и окулар
Могу се применити различита сочива објектива, али је најбоље изабрати сочива са додатном скалом и редукцијом хроматских аберација, пошто је њихова самофлуоресценција изузетно ниска и њихов учинак преноса светлости (опсег таласних дужина) је погодан за флуоресценцију. Због чињенице да је флуоресцентни сјај слике у пољу микроскопа директно пропорционалан квадрату односа отвора сочива објектива и обрнуто пропорционалан његовом увећању, да би се побољшала осветљеност флуоресцентних слика, требало би користити сочиво објектива са већим односом отвора бленде. Посебно за узорке са недовољном флуоресценцијом, потребно је користити објектив објектива са високим односом отвора бленде и великом пропустљивошћу светлости, уз окулар са најмањим могућим увећањем.
(3) Остали оптички уређаји
Рефлектујући слој огледала је обично пресвучен алуминијумом јер алуминијум упија мање ултраљубичастог и видљивог светла у плаво љубичастом региону, рефлектујући преко 90% (док сребро има рефлективност од само 70%). Генерално се користе равна огледала. Фокусна сочива, посебно дизајнирана и произведена за флуоресцентне микроскопе, направљена су од кварцног стакла или другог стакла које пропушта ултраљубичасто светло. Уређај за падајуће светло, поред тога што има функцију трансмисивног извора светлости, погоднији је за директно посматрање непрозирних и полупровидних узорака, као што су дебели листови, филтер мембране, колоније бактерија, културе ткива и други узорци. Последњих година развијени су многи нови типови флуоресцентних микроскопа помоћу уређаја за падајуће светло, познатог као флуоресцентни микроскоп са падајућим светлом.
